| 德爾塔未平，拉姆達(dá)又起，看基因測(cè)序如何“火眼金睛”監(jiān)控變異！ |
| 傳播速度快、傳染性強(qiáng)、潛伏期短、病毒載量高、癥狀不典型、治療時(shí)間長(zhǎng)……近期，在全球多國(guó)流行的德爾塔變異毒株引起大家廣泛關(guān)注。而今年7月份以來(lái)，我國(guó)多地出現(xiàn)由境外輸入德爾塔變異病毒引發(fā)的本土聚集性疫情，給防控工作帶來(lái)很大的挑戰(zhàn)。 |
| 如果關(guān)注疫情防控消息的話，不難發(fā)現(xiàn)各地在通報(bào)疫情防控最新情況時(shí)，還會(huì)公布疫情流調(diào)與溯源情況。流調(diào)（流行病學(xué)調(diào)查）是疫情防控中一項(xiàng)非常重要的工作，通過(guò)及時(shí)有序的流調(diào)，可以快速鎖定傳染源與密切接觸者，阻止病毒的進(jìn)一步擴(kuò)散。但是想要回答病毒來(lái)自何方，與哪一種變異毒株同源性較高，則需要通過(guò)基因測(cè)序來(lái)解答。 |
| 高通量測(cè)序是新冠病毒溯源的重要技術(shù)手段 |
| 《新型冠狀病毒肺炎防控方案 （第八版）》文件中指出：對(duì)本土疫情中的首發(fā)或早期病例、與早期病例有流行病學(xué)關(guān)聯(lián)的關(guān)鍵病例、感染來(lái)源不明的本土病例、境外輸入病例、入境物品及相關(guān)環(huán)境陽(yáng)性標(biāo)本開展病毒基因序列測(cè)定和比對(duì)分析，動(dòng)態(tài)了解病毒基因變異情況，及時(shí)發(fā)現(xiàn)感染來(lái)源。 |
| 由于可以不依賴微生物培養(yǎng)，可以直接對(duì)臨床樣本中的核酸進(jìn)行測(cè)序的特點(diǎn)，NGS（高通量測(cè)序）技術(shù)已經(jīng)成為目前新冠病毒溯源的重要技術(shù)手段。整個(gè)基因測(cè)序溯源流程一般包括樣本準(zhǔn)備、文庫(kù)構(gòu)建、上機(jī)測(cè)序和生物信息學(xué)分析等步驟。通過(guò)檢測(cè)新冠病毒的全基因組序列，并將這個(gè)序列與數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì)，查看有無(wú)變異位點(diǎn)，進(jìn)行同源性比較，判斷病例的傳染源。 |
| 在我們之前推送的新聞《多國(guó)及時(shí)發(fā)現(xiàn)變異新冠病毒，基因測(cè)序功不可沒！》中，詳細(xì)介紹了高通量測(cè)序在新冠病毒研究的應(yīng)用，感興趣的小伙伴可以點(diǎn)擊查看哦！ |
| 高通量測(cè)序應(yīng)用于病原監(jiān)測(cè)的文獻(xiàn)案例 |
| 自新冠疫情爆發(fā)以來(lái)，新冠變異毒株層出不窮，“德爾塔”未平，病毒載量更高的 “拉姆達(dá)”又起！為了更好地了解這些變異毒株所帶來(lái)的危險(xiǎn)，科學(xué)家們一直在跟蹤并監(jiān)測(cè)病毒變異的頻率和傳播力度。 |
| 英國(guó)牛津大學(xué)Tanya Golubchik等研究人員合作揭示宿主內(nèi)SARS-CoV-2的多樣性和傳播力。相關(guān)研究結(jié)果于今年4月發(fā)表在Science期刊上，論文標(biāo)題為“SARS-CoV-2 within-host diversity and transmission”。這項(xiàng)研究使用1313名英國(guó)新冠患者的鼻拭子樣本進(jìn)行RNA測(cè)序，以鑒定新冠病毒變體。其中，使用SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2- Pico Input Mammalian來(lái)制備轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)。 |
| 研究人員發(fā)現(xiàn)，大多數(shù)新冠患者僅攜帶一種或兩種新冠變異毒株，其中大部分變異毒株無(wú)法在傳染給他人時(shí)存活下來(lái)，即大多數(shù)新冠病毒變異毒株很難通過(guò)二次傳播而持續(xù)存在。 |
| 進(jìn)一步研究表明，傳播增強(qiáng)型或免疫逃逸的變異毒株出現(xiàn)的概率非常低，但一旦成功傳播，則可能會(huì)迅速傳播。 |
| 同時(shí)文章指出，由于逃逸突變?cè)诮臃N疫苗率高或具有高水平自然免疫的人群中的適應(yīng)能力可能非常強(qiáng)，而且突變效應(yīng)可能取決于它們的遺傳背景，所以持續(xù)關(guān)注和監(jiān)測(cè)是非常必要的。 |
| Takara提供的新冠病毒全基因組測(cè)序解決方案 |
| 在使用鼻拭子、咽拭子、肺泡灌洗液等臨床樣本進(jìn)行病毒NGS分析時(shí)，往往會(huì)遇到病毒含量少、樣本背景復(fù)雜、建庫(kù)過(guò)程PCR擴(kuò)增不均一等問題，給正確分析病毒基因組信息造成困難。Takara提供的新冠病毒基因測(cè)序解決方案，以其快速、簡(jiǎn)便、高效的特點(diǎn)，希望助力打贏疫情攻堅(jiān)戰(zhàn)！ |
| SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian（Pico v2， Code No. 634411） |
| · 250 pg-10 ng 的total RNA起始量，樣本稀少也能高效建庫(kù)！ · 專為低質(zhì)量樣本設(shè)計(jì)，無(wú)需進(jìn)行rRNA前處理操作！ · 隨機(jī)引物起始，6小時(shí)內(nèi)即可制備高質(zhì)量文庫(kù)！ · 多篇涉及新冠病毒研究的文章中使用Pico v2進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建，見參考文獻(xiàn)1-3 |
| SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian（Pico v3, Code No. 634485） |
| · 通過(guò)添加UMI，更加靈敏地識(shí)別PCR重復(fù)片段并校正測(cè)序錯(cuò)誤! · 同樣無(wú)懼RNA降解，能分析質(zhì)量較差的RNA樣本！ · 支持皮克級(jí)總RNA起始，快速高效的構(gòu)建測(cè)序文庫(kù)！ |
| 【參考文獻(xiàn)】 |
| 1. Bergamaschi L, et al. Longitudinal analysis reveals that delayed bystander CD8+ T cell activation and early immune pathology distinguish severe COVID-19 from mild disease. Immunity. 2021;54(6):1257-1275.e8. 2. Liu J, et al. The m6A methylome of SARS-CoV-2 in host cells. Cell Res. 2021;31(4):404-414. 3. Perez-Bermejo JA, et al. SARS-CoV-2 infection of human iPSC-derived cardiac cells reflects cytopathic features in hearts of patients with COVID-19. Sci Transl Med. 2021;13(590):eabf7872. |
頁(yè)面更新：2021-08-23 14:18:39
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