欧美成 人版在线_久久免视看国产_亚洲成l人在线观看线路_久久96热在精品国产网站

我們使用cookie改善您的瀏覽體驗(yàn)并提供有意義的內(nèi)容。請閱讀我們的cookie協(xié)議
收藏我們 在線訂購 CoA查詢
     

機(jī)構(gòu)用戶解決方案

產(chǎn)品選擇指南

技術(shù)服務(wù)信息

當(dāng)前位置：首頁 > 新聞中心
無標(biāo)題文檔
Takara：自動(dòng)化！高通量！單細(xì)胞人TCR分析
 
背景小知識：
 
· TCR
T淋巴細(xì)胞（T cells）是負(fù)責(zé)適應(yīng)性免疫應(yīng)答的主要細(xì)胞，其抗原識別功能主要依賴于T細(xì)胞受體（T cell receptor, TCR）,TCR是由兩條不同的肽鏈構(gòu)成的異二聚體，主要是α鏈和β鏈。TCR由基因組DNA上幾個(gè)不同區(qū)域轉(zhuǎn)錄翻譯而來，其中的V區(qū)，D區(qū)，J區(qū)會發(fā)生重排產(chǎn)生不同的受體鏈，也就是產(chǎn)生多樣性的T細(xì)細(xì)胞受體，以應(yīng)對不同的抗原類型，因此分析TCR多樣性主要就是分析V(D)J區(qū)片段的序列特征。
T細(xì)胞受體庫的多樣性保證了個(gè)體在多變的環(huán)境中能對外來抗原（病原體）產(chǎn)生有效的免疫應(yīng)答，保護(hù)人體健康。
 
T細(xì)胞受體組成 示意圖
 
· 單細(xì)胞的TCR分析有什么意義呢？
對于T細(xì)胞的發(fā)育過程來說，針對細(xì)胞群體測序，只能提供單個(gè)TCR鏈的頻率信息，卻不能與細(xì)胞進(jìn)行一一配對，而通過單細(xì)胞測序的方式能夠進(jìn)行更為細(xì)致的研究。同時(shí)，在對特定免疫反應(yīng)的研究中，通過單細(xì)胞TCR測序分析，可以減少群體細(xì)胞間異質(zhì)性信息的干擾。
我們知道一種TCR受體往往在一種類型的免疫反應(yīng)中發(fā)揮作用。因此，對單個(gè)T細(xì)胞的TCR測序分析有助于了解特異的α-β受體鏈組合配對信息，進(jìn)一步掌握抗原-受體的特異性識別關(guān)系，對免疫療法中的抗體設(shè)計(jì)有很大的幫助，繼而解釋免疫應(yīng)答機(jī)制、免疫耐受原因、免疫調(diào)節(jié)形式等相關(guān)生命現(xiàn)象！
 
· 單細(xì)胞的TCR分析有什么意義呢？
對于T細(xì)胞的發(fā)育過程來說，針對細(xì)胞群體測序，只能提供單個(gè)TCR鏈的頻率信息，卻不能與細(xì)胞進(jìn)行一一配對，而通過單細(xì)胞測序的方式能夠進(jìn)行更為細(xì)致的研究。同時(shí)，在對特定免疫反應(yīng)的研究中，通過單細(xì)胞TCR測序分析，可以減少群體細(xì)胞間異質(zhì)性信息的干擾。
我們知道一種TCR受體往往在一種類型的免疫反應(yīng)中發(fā)揮作用。因此，對單個(gè)T細(xì)胞的TCR測序分析有助于了解特異的α-β受體鏈組合配對信息，進(jìn)一步掌握抗原-受體的特異性識別關(guān)系，對免疫療法中的抗體設(shè)計(jì)有很大的幫助，繼而解釋免疫應(yīng)答機(jī)制、免疫耐受原因、免疫調(diào)節(jié)形式等相關(guān)生命現(xiàn)象！
 
· TCR-Seq存在的問題與困難：
※ 常規(guī)細(xì)胞群體免疫組庫測序只能提供單個(gè)TCR鏈的頻率信息，不能與細(xì)胞進(jìn)行一一配對。無法獲得TCRα和β鏈的配對信息及全長V(D)J序列
※ 單細(xì)胞TCR的建庫方式成本昂貴，與針對大批量免疫細(xì)胞的建庫方式相比，這種方法覆蓋到的細(xì)胞數(shù)量有限。
因此，單細(xì)胞的建庫方法變得越來越重要，只有這種方法才可以在細(xì)胞水平上非常準(zhǔn)確地鑒定TCR鏈配對信息，從而使得分析達(dá)到更高的復(fù)雜水平，同時(shí)也可以更加真實(shí)地反應(yīng)生物體內(nèi)的功能。在此基礎(chǔ)上，降低單細(xì)胞TCR建庫成本，提高通量也是TCR-Seq亟待解決的難題！
下面我們來了解一下Takara的高通量低成本TCR建庫方案吧！
 
Takara“自動(dòng)化高通量”TCR免疫組庫解決方案，了解一下！
ICELL8® Human TCR a/b Profiling Reagent Kit & ICELL8 cx Single-Cell System
該建庫方案整合了SMART(Switching Mechanism at 5’End of RNA Template)和基于5’RACE的免疫組庫NGS文庫制備技術(shù)，該技術(shù)能明顯降低PCR偏差，確保實(shí)驗(yàn)結(jié)果反映出的是樣本的真實(shí)情況，在高on-target率的基礎(chǔ)上，能有效降低測序成本！
為實(shí)現(xiàn)“自動(dòng)化高通量”建庫，搭配使用Takara旗下的ICELL8 cx Single-Cell System高通量自動(dòng)化單細(xì)胞分選平臺。
ICELL8 cx Single-Cell System納升級高通量自動(dòng)化單細(xì)胞分析平臺（點(diǎn)擊獲取產(chǎn)品手冊）
 
ICELL8 cx平臺可在15 min內(nèi)在微孔芯片上分選得到上千個(gè)“活的單細(xì)胞”，搭配使用ICELL8® Human TCR a/b Profiling Reagent Kit可從上千個(gè)單細(xì)胞中捕獲TCR轉(zhuǎn)錄本的完整V(D)J可變區(qū)，產(chǎn)生的文庫可同時(shí)提供α鏈和β鏈的多樣性信息。
該方法在微孔芯片中完成單細(xì)胞分選，以及cDNA第一鏈合成。SMART-Seq Indexed Oligo已經(jīng)預(yù)先固定在芯片的微孔中。這樣，同一個(gè)細(xì)胞來源的轉(zhuǎn)錄本cDNA可以方便、正確地佩戴上相同的“身份標(biāo)簽”。接下來，將轉(zhuǎn)錄本cDNA從芯片收集至離心管內(nèi)，進(jìn)行V(D)J區(qū)序列特異性擴(kuò)增、測序接頭連接，即得到用于上機(jī)測序的單細(xì)胞TCR免疫組庫。
Takara高通量TCR免疫組庫解決方案，同時(shí)支持5’末端差異表達(dá)分析!
 
· 高通量地闡明單細(xì)胞中T細(xì)胞受體α-β鏈多樣性
※ 靈敏性更高：基于RACE技術(shù)保證低豐度TCR變體的檢出
※ 特異性更強(qiáng)：獲得全長reads，目的reads占比高，更正確的配對信息
※ 5’端捕獲測序差異表達(dá)分析：通過比對5’末端信息，產(chǎn)生所有轉(zhuǎn)錄本差異表達(dá)數(shù)據(jù)
※ 靈活、高通量的單細(xì)胞分析：單次實(shí)驗(yàn)同時(shí)分析8個(gè)樣品，生成上千單細(xì)胞的測序數(shù)據(jù)
 
· 性能展示
※ 實(shí)驗(yàn)材料：T細(xì)胞和PBMCs（外周血單個(gè)核細(xì)胞）
※ 實(shí)驗(yàn)內(nèi)容：單細(xì)胞分選及后續(xù)單細(xì)胞TCR克隆型分析， 從芯片中收集cDNA后，使用3’TCRα/β 基因特異性（GSP）引物進(jìn)行特異性擴(kuò)增，后續(xù)對純化后的文庫使用Miseq測序儀進(jìn)行測序，雙端2×300 bp reads，600 cycles。下機(jī)數(shù)據(jù)可以通過配套的ICELL8 scTCR Analyzer軟件進(jìn)行拆分，進(jìn)一步分析結(jié)果。
* 分選與文庫構(gòu)建操作參照實(shí)驗(yàn)手冊標(biāo)準(zhǔn)流程進(jìn)行
 
① T細(xì)胞和PBMC的克隆型reads計(jì)數(shù)結(jié)果：
陰性對照：包含除樣本外的所有反應(yīng)成分
陽性對照：Jurkat總RNA建立陽性對照
閾值：8 reads
Negative control ：15個(gè)，Positive control ：15個(gè)
T cells ：530個(gè)，PBMCs ：590個(gè)
 
箱線圖展示了不同細(xì)胞中的TCRα（藍(lán)色）和TCRβ（紅色）的克隆型讀數(shù)，可以看出ICELL8® Human TCR a/b Profiling Reagent Kit在不同細(xì)胞中的克隆型的檢測能力發(fā)揮穩(wěn)定，讓您對測序結(jié)果信心更足！
 
② α-β鏈配對分析
Cell type # of wells or cells # of cells with clonotype calls % of cells with clonotype calls
Neg control 15 0 0%
Pos control 15 15 100%
PBMC 590 261 44%
T cell 530 399 75%
由于PBMC不僅僅只由T細(xì)胞構(gòu)成，約44%的PBMC細(xì)胞檢測到了TCRα/β的轉(zhuǎn)錄本，其中α-β鏈配對比例占70%。75%的T細(xì)胞包含TCRα/β的轉(zhuǎn)錄本信息，α-β鏈配對比例占70%。另外，除了α-β的配對之外還觀察到β-β(β)、α-α(αα）、αα-β(ααβ)和其他非標(biāo)準(zhǔn)組合。
 
③ TCRβ轉(zhuǎn)錄本的克隆型分析
弦圖展示了TCRβ在PBMC和T細(xì)胞中的克隆多樣性及分布信息，對兩種細(xì)胞類型的TCRβ可變區(qū)-結(jié)合區(qū)（V-J）的片段組合情況進(jìn)行可視化分析，每個(gè)弧表示一個(gè)V或J片段，根據(jù)數(shù)據(jù)集中情況對該段的相對比例進(jìn)行縮放。每個(gè)弦代表一組克隆型，包括V-J組合，并根據(jù)數(shù)據(jù)的相對豐度進(jìn)行加權(quán)。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明該試劑在鑒定各種克隆型組合時(shí)具有高度敏感性，是研究復(fù)雜樣本的理想選擇！
 
完整的TCR分析流程需要下列產(chǎn)品
產(chǎn)品名稱 包裝量 Code No.
  ICELL8® cx TCR Chip 1 Chip 640200
  ICELL8® Human TCR a/b Profiling - Indexing Primer Set 1 Set 640179
5 Set 640180
10 Set 640181
  ICELL8® Human TCR a/b Profiling Reagent Kit 1 Kit 640182
  ICELL8® Collection Kit - L 1 Kit 640212
  ICELL8® cx Loading Kit 1 Kit 640197
 
單細(xì)胞TCR免疫組庫分析在提供豐富克隆型信息的同時(shí)，進(jìn)一步展示了受體鏈的配對信息。這可以幫助研究人員深入了解T細(xì)胞的異質(zhì)性、可塑性，分析配對方式對TCR抗原特異性識別的影響，設(shè)計(jì)治療性抗體等。
Takara單細(xì)胞TCR-Seq產(chǎn)品引入了更多的對照，在處理復(fù)雜樣品時(shí)可以幫助獲得更高質(zhì)量的數(shù)據(jù)。輔以友好的數(shù)據(jù)分析軟件，讓新手也可以從容應(yīng)對！
 
此外，我們還推出了基于孔板的TCR & BCR測序建庫方法：
新的TCR和BCR測序分析試劑盒了解下！
 
 

頁面更新：2023-03-16 16:21:39