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產(chǎn)品選擇指南

技術(shù)服務(wù)信息

無標(biāo)題文檔
關(guān)于檢索方法和檢索結(jié)果
 
1.關(guān)于輸入檢索項(xiàng)
2.關(guān)于檢索
3.關(guān)于檢索結(jié)果
4.各種按鈕
5.不支持PRTSS（Perfect Real Time Support System）的設(shè)計(jì)
 
1. 檢索項(xiàng)目的錄入
ORGANISM：
選擇目標(biāo)物種(Human, Mouse, Rat, Cow, Dog, Chicken, Arabidopsis, Oryza)。
 
GenBank Acc (Ensembl ID)：
對(duì)于人、小鼠和大鼠，GenBank accession中覆蓋了大部分NCBI RefSeq登錄的“NM_”、“NR_”開頭的基因，在牛、狗和雞中，覆蓋了NM_和XM_開頭的基因。一些除了“NM_”和“XM_”以外也可能被檢索到。
對(duì)于擬南芥和水稻，Ensembl Plants注冊(cè)基因的ID是目標(biāo)。
 
GeneID (LocusID)：
對(duì)于人、小鼠、大鼠、牛、狗和雞，它由NCBI Entrez Gene的ID (以前稱為L(zhǎng)ocusLink的ID) 替代。
對(duì)于擬南芥，水稻，它是Ensembl Plants Gene的ID。
 
KeyWord：
查找基因名稱 (部分匹配) 、符號(hào)名稱 (部分匹配) 和Primer Set ID (完全匹配) 。
基因和符號(hào)名稱不區(qū)分大小寫。Primer Set ID區(qū)分大小寫。
<基因名稱、符號(hào)名稱的AND搜索>
如果關(guān)鍵字和關(guān)鍵字之間有空格，則使用AND條件進(jìn)行搜索。
示例:protein kinase
<基因名稱、符號(hào)名稱的NOT搜索>
查找不包含使用"-" (減號(hào)) 指定的關(guān)鍵字的空格。
示例:kinase-protein
<查找基因名稱、符號(hào)名稱的短語>
搜索""中的關(guān)鍵字作為一個(gè)字符串。
示例:"adenylatekinase1"
 
Only for oligo-dT primed template：
如果選中此項(xiàng)，則檢索結(jié)果中顯示的可用于PCR的引物，其模板是使用oligo-dT引物的反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物。
※ 沒有polyA的ncRNA也會(huì)顯示在這個(gè)檢索中，但是沒有polyA的ncRNA的情況下，反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)請(qǐng)使用隨機(jī)引物。
 
2. 關(guān)于搜索
如果輸入多個(gè)搜索項(xiàng)，則為AND搜索。
 
3. 檢索結(jié)果的各項(xiàng)目說明
GeneID：
對(duì)于人、小鼠、大鼠、牛、狗和雞，單擊ID號(hào)可跳轉(zhuǎn)到NCBI Entrez Gene (以前稱為L(zhǎng)ocus Link) 的locus數(shù)據(jù)，并確認(rèn)該locus的各種基因信息。對(duì)于擬南芥和水稻，鏈接到Ensembl Plants的相應(yīng)頁(yè)面。
 
Symbol：
這是在Entrez Gene上發(fā)表的官方符號(hào)。擬南芥、水稻不顯示。
 
Name (description)：
在Entrez Gene中注冊(cè)的基因名稱。
 
GenBank Acc：
單擊Accession可跳轉(zhuǎn)到NCBI GenBank的相應(yīng)基因數(shù)據(jù)或Ensembl Plants的相應(yīng)基因頁(yè)面，以查看基因信息。
 
Related：
顯示與RefSeq注冊(cè)基因不同的GenBank注冊(cè)基因的accession。
 
Gene size：
設(shè)計(jì)目的基因的序列長(zhǎng)度。
 
Primer Set ID：
每套引物的固定ID。
 
Position：
基因上的位置，接近PCR擴(kuò)增區(qū)域的中心。擴(kuò)增區(qū)域大約是100 bp,是擴(kuò)增區(qū)域的基準(zhǔn)。
R 適用于隨機(jī)引物反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)產(chǎn)物。
dT 是設(shè)計(jì)在基因3’末端1.5 kb內(nèi)的引物，適用于寡核苷酸dT引物反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)產(chǎn)物。
※沒有polyA的ncRNA也會(huì)顯示dT，但是沒有polyA的ncRNA的情況下，反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)請(qǐng)使用隨機(jī)引物。
 
Intron size：
如果擴(kuò)增區(qū)域包含exon-junction,則顯示基因組上的內(nèi)含子大小。如果有多個(gè)，則顯示每個(gè)內(nèi)含子的大小。
如果不包括exon-junction,如果目標(biāo)基因不能很好地比對(duì)到基因組并且不能確定exon-junction的位置，則顯示"-"。
如果擴(kuò)增區(qū)域包含exon-junction (內(nèi)含子) ，則根據(jù)內(nèi)含子大小，包含基因組DNA的RNA樣品可能不會(huì)發(fā)生來自基因組DNA的擴(kuò)增，或可能與目標(biāo)基因的擴(kuò)增不同。
 
Variants：
表示有可能擴(kuò)增到對(duì)象基因以外的transcript variant的Accession編號(hào)。在該系統(tǒng)中，擴(kuò)增除目標(biāo)基因以外的基因的所有引物都被刪除，但保留了可能擴(kuò)增transcript variant的引物組。
 
Variants Cover率：
顯示可擴(kuò)增的variant/variant總數(shù)。X/X是所有Variant共同的引物，1/X是檢索基因的特異性引物。
如果Variants Cover比率包含*，則存在具有不同擴(kuò)增大小的Variant。
例:對(duì)于具有7個(gè)Variant且標(biāo)記*為“Variants Cover”率為2/7 (7/7) 的Primer Set ID
如下表所示，全部7種都進(jìn)行了擴(kuò)增，但除2種Variant以外，其他都以不同的大小進(jìn)行了擴(kuò)增，因此不包含在Variants Cover率中。
GenBank Acc. Product Size
NM_XXXXXX.1 +3 bp
NM_XXXXXX.2 0 bp
NM_XXXXXX.3 0 bp
NM_XXXXXX.4 +3 bp
NM_XXXXXX.5 +3 bp
NM_XXXXXX.6 +3 bp
NM_XXXXXX.7 +3 bp
如果您想要擴(kuò)增大小不一樣的引物，可以定制設(shè)計(jì)。
 
House keeping gene：
顯示選定物種中用作housekeeping gene的基因引物。對(duì)于擬南芥、水稻，不顯示。
 
4. 各種按鈕
檢索：
開始檢索，結(jié)果顯示在下方。
 
Cart in：
你可以把你感興趣的一套引物放進(jìn)購(gòu)物車?yán)?。放入?gòu)物車的優(yōu)先購(gòu)買套裝是購(gòu)買候補(bǔ)。并不是在這個(gè)階段下訂單。
 
購(gòu)物車：
您可以看到購(gòu)物車的信息。從引物設(shè)計(jì)購(gòu)物車購(gòu)買選擇的Primer。
 
5. 不支持PRTSS本系統(tǒng)的設(shè)計(jì)
部分有效的accession或keyword可能不會(huì)在搜索結(jié)果中顯示引物。在這種情況下，可能有以下原因。
· 由于新注冊(cè)GenBank等原因，尚未設(shè)計(jì)。
· 雖然可以進(jìn)行設(shè)計(jì)，但無法獲得符合該系統(tǒng)標(biāo)準(zhǔn)的引物。
· 引物序列符合本系統(tǒng)標(biāo)準(zhǔn)，但特異性不符合本系統(tǒng)標(biāo)準(zhǔn)。
 
※本系統(tǒng)的注冊(cè)基因設(shè)計(jì)采用統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)。根據(jù)定制設(shè)計(jì)，考慮到每個(gè)基因的情況，有時(shí)可以設(shè)計(jì)，所以請(qǐng)咨詢。(不支持PRTSS的引物探針設(shè)計(jì)服務(wù))
如有更改，恕不另行通知。請(qǐng)了解。
 
 

頁(yè)面更新：2023-11-01 10:33:51